2006年世界杯-非洲区外围赛透过淘汰赛及分组赛决定5队非洲国家队参加决赛周，赛事由非洲足协（CAF）负责管辖，52个成员国当中只有东非国家吉布提没有参赛。赛事除了决定参加世界杯决赛周的球队外，还担任2006年非洲国家杯外围赛的角色，各组首3名晋身2006年非洲国家杯决赛周。
出线决赛周的球队中有4队首次出席世界杯：安哥拉，科特迪瓦，加纳，多哥，上届世界杯5队非洲球队当中：喀麦隆，尼日利亚，南非，塞内加尔及突尼西亚，只有突尼西亚能够顺利出线。
赛制
外围赛共有分为两轮，包括有淘汰赛及分组赛。首圈有42支球队参加，两队球队以两回合主客制作赛。21支胜出球队晋升第二圈分组赛。第二圈将30支参赛球队分为5组，每组均为6队，每组首名可晋身决赛周。
第一圈
赛制
首圈淘汰赛是由42支球队进行抽签，两队球队以两回合主客制作赛。21支胜方与2002年世界杯的5支非洲球队：塞内加尔、喀麦隆、尼日利亚、突尼西亚以及南非以及根据2003年6月25日前的国际足协世界排名当中4队最高排名的非洲球队：埃及、摩洛哥、民主刚果、科特迪瓦合计30队进入分组赛阶段
粗体字代表出线球队
几内亚比绍 VS 马里
马达加斯加 VS 贝宁
2003年10月10日
比绍
几内亚比绍
1:2
马利
2003年10月11日
塔那那利佛
马达加斯加
1:1
贝宁
2003年11月14日
巴马科
马利
2:0
几内亚比绍
2003年11月16日
科托努
贝宁
3:2
马达加斯加
塞舌尔 VS 尚比亚
博茨瓦纳 VS 赖索托
2003年10月11日
Victoria
塞舌尔
0:4
赞比亚
2003年10月11日
嘉柏隆里
博茨瓦纳
4:1
莱索托
2003年11月15日
路沙卡
赞比亚
1:1
塞舌尔
2003年11月16日
马塞卢
莱索托
0:0
博茨瓦纳
赤道几内亚 VS 多哥
圣多美和普林西比 VS 利比亚
2003年10月11日
巴塔
赤道畿内亚
1:0
多哥
2003年10月11日
Santo Tomé
圣多美
0:1
利比亚
2003年11月16日
洛美
多哥
2:0
赤道畿内亚
2003年11月16日
班加西
利比亚
8:0
圣多美
坦桑尼亚 VS 肯尼亚
尼日尔 VS 阿尔及利亚
2003年10月11日
巴塔
坦桑尼亚
0:0
肯亚
2003年10月11日
尼亚美
尼日
0:1
阿尔及利亚
2003年11月15日
奈洛比
肯亚
3:0
坦桑尼亚
2003年11月14日
班加西
阿尔及利亚
6:0
尼日
乌干达 VS 模里西斯
辛巴威 VS 毛里塔尼亚
2003年10月11日
坎帕拉
乌干达
3:0
毛里裘斯
2003年10月11日
哈拉雷
辛巴威
3:0
茅利塔尼亚
2003年11月16日
居尔皮普
毛里裘斯
3:1
乌干达
2003年11月14日
努瓦克肖特
茅利塔尼亚
2:1
辛巴威
斯威士兰 VS 佛得角
布隆迪 VS 加蓬
2003年10月12日
墨巴本
斯威士兰
1:1
佛得角
2003年10月12日
布琼布拉
布隆迪
0:0
加蓬
2003年11月16日
培亚
佛得角
3:0
斯威士兰
2003年11月14日
利伯维尔
加蓬
4:1
布隆迪
乍得 vs. 安哥拉
刚果 vs. 塞拉利昂
2003年10月12日
恩贾梅纳
乍得
3:1
安哥拉
2003年10月12日
布拉柴维尔
刚果
1:0
塞拉利昂
2003年11月16日
罗安达
安哥拉
2:0
乍得
2003年11月14日
弗里敦
塞拉利昂
1:1
刚果
衣索比亚 vs. 马拉威
卢旺达 vs. 纳米比亚
2003年10月12日
亚的斯亚贝巴
衣索比亚
1:3
马拉威
2003年10月12日
吉佳利
卢旺达
3:0
纳米比亚
2003年11月15日
利隆圭
马拉威
0:0
衣索比亚
2003年11月15日
温得和克
纳米比亚
1:1
卢旺达
几内亚 vs. 莫桑比克
甘比亚 vs. 赖比瑞亚
2003年10月12日
科纳克里
几内亚
1:0
莫桑比克
2003年10月12日
巴考
甘比亚
2:0
赖比瑞亚
2003年11月16日
马普托
莫桑比克
3:4
几内亚
2003年11月16日
蒙罗维亚
赖比瑞亚
3:0
甘比亚
苏丹 vs.厄利垂亚
加纳 vs. 索马里
2003年10月12日
Jartum
苏丹
3:0
厄利垂亚
2003年10月16日
阿克拉（迦纳）
迦纳
6:0
索马里
2003年11月16日
阿斯马拉
厄利垂亚
0:0
苏丹
2003年11月19日
库马西（迦纳）
索马里
0:2
迦纳
由于中非共和国退出，因此布吉纳法索可自动出线分组赛阶段。
Remove ads晋级球队
晋级球队共有21队，包括：（2004年11月时世界排名）
马里 (47)
辛巴威 (59)
大阿拉伯利比亚人民社会主义民众国 (61)
尚比亚 (65)
阿尔及利亚 (70)
安哥拉 (73)
加纳 (75)
布吉纳法索 (83)
几内亚 (84)
多哥 (85)
肯尼亚 (85)
卢旺达 (97)
博茨瓦纳 (100)
刚果共和国 (105)
乌干达 (106)
马拉维 (109)
加彭 (113)
苏丹 (113)
利比里亚 (117)
贝宁 (121)
佛得角 (125)
第二圈
30支进入分组赛阶段的球队会分为五组，每组各有六队，每队互相对赛，采取主客双循环赛制，胜出得3 分，和得1分，负则0分。按各队于分组赛的总得分排列，每组的首名可直接晋身2006年世界杯决赛周。
若有队伍于分组赛上出现相同分数，则需顺序按以下方法排列名次：
有关队伍的对赛成绩
有关队伍的对赛球差
有关队伍的对赛入球数字
在分组赛中的总球差
在分组赛中的总入球数字
于中立场进行一场附加赛决胜负
粗体字代表出线球队
第一组
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球队
场数
胜
和
负
入球
失球
球差
积分
多哥
10
7
2
1
20
8
12
23
塞内加尔
10
6
3
1
21
8
13
21
尚比亚
10
6
1
3
16
10
6
19
刚果共和国
10
3
1
6
10
14
-4
10
马利
10
2
2
6
11
14
-3
8
赖比瑞亚
10
1
1
8
3
27
-24
4
关闭
第二组
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球队
场数
胜
和
负
入球
失球
球差
积分
迦纳
10
6
3
1
17
4
13
21
刚果民主共和国
10
4
4
2
14
10
4
16
南非
10
5
1
4
12
14
-2
16
布吉纳法索
10
4
1
5
14
13
1
13
佛得角
10
3
1
6
8
15
-7
10
乌干达
10
2
2
6
6
15
-9
8
关闭
第三组
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球队
场数
胜
和
负
入球
失球
球差
积分
科特迪瓦
10
7
1
2
20
7
13
22
喀麦隆
10
6
3
1
18
10
8
21
埃及
10
5
2
3
26
15
11
17
利比亚
10
3
3
4
8
10
-2
12
苏丹
10
1
3
6
6
22
-16
6
贝南
10
1
2
7
9
23
-14
5
关闭
第四组
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球队
场数
胜
和
负
入球
失球
球差
积分
安哥拉
10
6
3
1
12
6
6
21
奈及利亚
10
6
3
1
21
7
14
21
辛巴威
10
4
3
3
13
14
-1
15
加蓬
10
2
4
4
11
13
-2
10
阿尔及利亚
10
1
5
4
8
15
-7
8
卢安达
10
1
2
7
6
16
-10
5
关闭
第五组
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球队
场数
胜
和
负
入球
失球
球差
积分
突尼西亚
10
6
3
1
25
9
14
21
摩洛哥
10
5
5
0
17
7
10
20
几内亚
10
5
2
3
15
10
5
17
肯雅
10
3
1
6
8
17
-9
10
博茨瓦纳
10
3
0
7
10
18
-8
9
马拉维
10
1
3
6
12
26
-14
6
关闭
外部链接
非洲足协官方网站（页面存档备份，存于互联网档案馆）